Debido a los síntomas parecidos a los de enfermedades infecciosas urológicas o ginecológicas, la CI/SVD se trata a menudo con inútiles antibióticos durante largos periodos de tiempo, incluso frente a la evidencia de exámenes de cultivo negativos.

Un correcto diagnóstico llega normalmente después de diversas visitas a especialistas, exámenes invasivos y diagnósticos de psicosomatización. Dicho retraso en el diagnóstico implica un empeoramiento del cuadro clínico, llegando a involucrar aparatos cercanos y reduciendo la eficacia terapéutica.

El diagnóstico de CI/SVD se realiza a través de la cistoscopia con hidrodistensión. La hidrodistensión consiste en la introducción en la vejiga, mediante un catéter, de una solución fisiológica, que provoca una presión interna capaz de dilatar la vejiga y distender sus paredes para una mejor obsevación del urotelio. Junto a la cistoscopia se efectúa también una biopsia para verificar la presencia de mastocitos en los tejidos analizados.

Los mastocitos pueden detectarse solo en la fase inicial de la enfermedad; cuanto más avanzada se encuentre la patología, más disminuyen los mastocitos y la inflamación da lugar a un tejido rígido, cicatrizal y eslerótico, fruto de una inflamación mantenida durante largo tiempo por un diagnóstico tardío y tratamientos inadecuados y dañinos.

Los síntomas se vuelven así consecuencia de una inflamación que ya no es local, sino neurógena, que ya no está relacionada con el daño urotelial originario.

La hidrodistensión provoca dolor tanto durante la realización del exámen (que se realiza con anestesia) como en los días sucesivos, desapareciendo después de 2/4 semanas. Hay pacientes que perciben una mejoría después de la hidrodistensión; otros pacientes perciben un empeoramiento del cuadro sintomatológico. La cistoscopia con hidrodistensión, debido a su invasividad y sus posibles complicaciones, debe prescribirse como último exámen, a efectuar solo después de haber excluído otras patologías con exámenes menos invasivos.

Desde hace poco, el diagnóstico de CI/SVD puede realizarse exclusivamente cuando existen síntomas urinarios característicos y excluyendo patologías de sintomatología parecida.

Síntomas característicos necesarios para un diagnóstico de CI/SVD

• capacidad vesical menor de 350cc evaluable a través de un exámen urodinámico y para algunos urólogos también a través de el diario miccional
• urgencia urinaria
• frecuencia (superior a 7 micciones en 12 horas diurnas y superior a 2 micciones nocturnas)
• presencia de los síntomas desde al menos 9 meses
• dolor vesical
• ineficacia de muchos abordajes entre los cuales antibióticos,  antiinflamatorios, antiespásmódicos

Patologías de sintomatología parecida a la de CI/SVD que deben excluirse antes de diagnosticar CI/SVD:

• patologías urológicas: cistitis bacteriana (el cultivo de orina deberá ser negativo en 2 o 3 muestras consecutivas realizadas en un lapso de 3 meses, en el hombre también el cultivo de esperma para excluir la prostatitis bacteriana), biofilm, tumores vesicales (el exámen citológico de la orina debe ser negativo en 3 muestras consecutivas), divertículos uretrales (cistografía negativa), cálculos vesicales (ecografía negativa), cistitis por radioterapia o por causas químicas (cistitis post-actínica, cistitis por ciclofosfamida u otros agentes), tuberculosis urinaria, patologías renales
• patologías genitales: vaginitis o vaginosis (exudado vaginal negativo incluso a los gérmenes menos comunes como Clamidia, Mycoplasma y Ureaplasma), tumores genitales (Pap test negativo), prolapso vaginal, endometriosis, adherencias, Salpingitis tuberculosa, Síndrome de congestión pélvica, quiste ovárico, dispositivos intrauterinos, dolor miofascial de la pared abdominal, defectos posturales
• patologías neurológicas: hiperactividad o disinergia detrusorial (urodinámica negativa), mialgia del suelo pélvico, Síndrome del piriforme, atrapamiento del nervio pudendo, lesión de la médula espinal o de la raíz nerviosa secundaria a la columna vertebral
• patologías intestinales: enfermedad inflamatoria intestinal, Síndrome del intestino irritable, cáncer de cólon, enfermedad diverticular, constipación crónica, colitis, hemorroides
• patologías pélvicas: Síndrome de congestión pélvica, patología retroperineal, enfermedad inflamatoria pélvica